Aunque para septiembre se controló el conflicto en el sector educativo, el mes estuvo marcado principalmente por la inseguridad, pues el 6 de septiembre se registró la caída de un helicóptero de la SSP en la localidad de El Chauz, municipio de La Huacana, en el que perdieron la vida 5 elementos. Al día siguiente, el 7 de septiembre, tras especularse sobre un posible derribo por un enfrentamiento, el secretario de Gobierno reconoció que el lugar había sido refugio de delincuentes. Posteriormente, el 10 de septiembre, el gobernador aseguró que los peritajes arrojaron que el helicóptero cayó por una falla humana.
La caída del helicóptero fue solo el preámbulo, pues el 10 de septiembre, tras la visita a la tenencia de La Ruana, en el municipio de Buenavista Tomatlán, Silvano Aureoles se disponía a tomar protesta al Consejo Ciudadano de Tepalcatepec, sin embargo, habitantes del lugar, simpatizantes de Juan José Farías, “El Abuelo”, impidieron el arribó al mandatario estatal.
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Aunque la Coordinación General de Comunicación Social del Gobierno de Michoacán intentó negar que la población de Tepalcatepec impidió la llegada de Aureoles Conejo, el 12 del mismo mes, el propio mandatario estatal desmintió el comunicado enviado por su área de comunicación social.
Previo a ello, el ex líder de las autodefensas de La Ruana, Hipólito Mora Chávez, advirtió que persistía el crimen organizado en la región, a lo cual Aureoles Conejo solicitó a la población no encubrir ni defender a los criminales.
El 12 de septiembre, el secretario de Gobierno, Adrián López Solís, reconoció que los ex autodefensas de Tepalcatepec mantenían intereses ajenos a la seguridad, en tanto que el 13 de dicho mes, el procurador de Justicia reveló la existencia de investigaciones contra “El Abuelo Farías”, por su presunta autoría intelectual de acontecimientos delictivos.
Ya el 9 de septiembre el propio mandatario estatal había reconocido que existía intención de las células delictivas por reagruparse e incluso el propio Hipólito Mora reveló el 26 de septiembre que algunos ex autodefensas se convirtieron en narcos y peleaban el territorio, a lo que el jefe del Ejecutivo de Michoacán se limitó a culpar a la prensa de la inseguridad, debido al “bombardeo” que esta realiza y que Aureoles Conejo calificó como una forma de hacer “apología de la nota roja”, a través de las publicaciones en los medios de comunicación.
Sin embargo, la inseguridad no paró ahí, pues, aunque el 15 y 16 de septiembre la autoridad declaró saldo blanco tras los festejos patrios, un día antes, el 14 fueron hallados dos cadáveres incinerados en Apatzingán.
El 18 de septiembre presentó Silvano Aureoles un mensaje alusivo a su primer informe de gobierno en el que reconoció la necesidad de redoblar esfuerzos en los tres ejes fundamentales de su administración: garantizar la seguridad, mejorar la calidad educativa y sanear las finanzas.
Sin embargo, dos días después, aconteció una jornada violenta en la capital michoacana que consternó a la población de Morelia, pues el 20 de septiembre un grupo de delincuentes asesinó a dos personas, y posteriormente, el 21, se generó una persecución tras intentar secuestrar a dos jóvenes, lo que dejó un saldo de 3 muertos y 3 heridos, durante ambos días.
En los siguientes días, concretamente el 23 de septiembre, tras iniciarse las investigaciones sobre tales acontecimientos, el secretario de Gobierno informó sobre la relación de los homicidios del 20 y 21 de septiembre, versión ratificada por el procurador de Justicia el 26 de septiembre.
De igual forma, el cardenal Alberto Suarez Inda, informó el 22 de septiembre sobre el secuestro del sacerdote José Alfredo Guillén, cura de la parroquia de la comunidad de Janamuato. La primera línea de investigación filtrada por la Procuraduría General de Justicia de Michoacán (PGJE), a los medios de comunicación, sugirió que el párroco se habría hospedado con un menor de 16 años.
Sin embargo, dicha línea de investigación fue desechada posteriormente, luego de que una mujer, esposa de la persona que aparecía en el video filtrado por la PGJE, detalló su relación marital con el individuo, así como la relación filial con el menor de edad.
Ello provocó que el secretario de Gobierno y la PGJE reconocieran que el video que presentaba una pista sobre el sacerdote desaparecido, fuera desechado.
En cuanto al ámbito educativo, nuevamente la SEE anunció descuentos salariales y ceses laborales a 6 mil profesores adheridos a la CNTE el 5 de septiembre, en tanto que el 9 del mismo mes, el gobernador también responsabilizó a los padres de familia de “pecar de pasivos en el proceso educativo de sus hijos”.
El 21 de septiembre, la SEE notificó que disminuyó la cifra ceses laborales, y apenas a 40 de los 80 profesores de les notificó del finiquito de su relación con la dependencia estatal.
El 29 de septiembre mientras el procurador de Justicia anunció la existencia de 6 órdenes de aprehensión contra líderes de la CNTE y normalistas por los actos vandálicos durante sus manifestaciones, el día siguiente el 30 de septiembre, fueron liberados 30 normalistas detenidos en Ecuandureo el mes anterior.
A la par, la Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo (UMSNH), fue tomada por los integrantes del Movimiento de Aspirantes y Rechazados, y tras tres días de conatos de bronca entre los jóvenes que exigían espacios en la Casa de Hidalgo y los alumnos que exigían la apertura de las instalaciones de la institución nicolaita, el gobernador anunció 22 mil 850 espacios educativos en varias universidades públicas y privadas de Morelia.
Finalmente el 27 de septiembre, durante la inauguración del Banco de Leche Materna en el Hospital de la Mujer, Aureoles Conejo evidenció un desvío de 9 mil millones de pesos de la Secretaría de Salud, 5 mil millones de esos, desviados durante la pasada administración estatal en la que ya encabezaba Carlos Aranza Doniz la dependencia, y a quien el mandatario estatal ratificó en el cargo.