En el estado de Michoacán se localizan dos de los tres lagos más grandes de México: los de Cuitzeo y Pátzcuaro, sólo superados por el de Chapala, que a su vez se encuentra en los límites del vecino estado de Jalisco con territorio michoacano.
De acuerdo con el Instituto Nacional de Estadística y Geografía (INEGI), las áreas de cuenca de los lagos de Chapala, de Cuitzeo y de Pátzcuaro, son de mil 116, 306 y 97 metros cuadrados, respectivamente, mientras que sus capacidades de almacenamiento alcanzan ocho mil 126, 920 y 550 millones de metros cúbicos.
Los lagos son cuerpos de agua, generalmente dulce, de extensiones considerables y profundidades variables, formados en el interior de los continentes y alimentados por corrientes fluviales, es decir, aquellas provenientes de los ríos.
Lago de Cuitzeo
Es el segundo mayor tamaño de origen natural en la República Mexicana. En los límites de Michoacán y Guanajuato, la carretera federal número 43 y la autopista Morelia-Salamanca lo cruzan en su parte central.
El río Grande de Morelia es su tributario más importante, y también se forma con los ríos Tiripetío, Tirio y Chiquito de la ciudad capital. Presenta periodos prolongados de sequías, causando la desecación de una parte que afecta directamente a las poblaciones de la ribera, quienes padecen problemas de salud ocasionados por las tolvaneras.
Lago de Pátzcuaro
Alberga cinco islas: Pacanda, Yunuén, Tecuén, Janitzio y Urandén Morelos, de ocho que había, ya que Jarácuaro y Pastora se encuentran interconectadas, formando un nuevo conjunto insular unido a tierra firme por un camino de terracería, al igual que Urandén de Morales.
Hay un descenso progresivo en su nivel y calidad por efectos de azolve, sedimentación, cambio climático, deforestación, así como huertas o monocultivos agrícolas no compatibles con la región, que aumentan el consumo de agua y degradación del suelo.